相続した不動産の売却にかかる税金と流れ 3年10か月の期限まで相続専門税理士が解説

不動産相続 2026-09-19 藤本 敦子

実家が4,000万円で売れても、手元に残るのは3,100万円ほど。

仲介手数料と印紙代でおよそ140万円。そこに譲渡所得税と住民税が20.315%かかります。不動産の相続でいちばん金額が動くのが、この売却の場面です。

課税されるのは売れた金額ではなく、買ったときの値段を引いたあとの「もうけ」。買値を証明できないと売値の5%しか引けず、税額が数百万円変わります。

期限つきの特例も2つ。どちらか一方しか使えません。

執筆者

相続税専門税理士 / ラクソウ代表

藤本 敦子

中国税理士会 広島西支部所属：登録番号139011。広島県出身。横浜国立大学卒業後、監査法人トーマツ入所。2018年に税理士登録し、相続税の申告を専門に取り扱う税理士事務所を設立。広島テレビのテレビ派にコメンテーター出演。相続税申告、相続対策、コンサルティングなど、資産税業務が得意。

■保有資格
税理士（登録番号：第139011号）
公認会計士（試験合格）

■経歴
広島 ノートルダム清心高等学校 卒業
横浜国立大学 経営学部 卒業
有限責任監査法人トーマツ 入所
藤本敦子税理士事務所 / ラクソウ 設立

■得意分野
・相続税の申告
・生前贈与/遺言書のサポート
・不動産評価の最適化
・二次相続/事業承継の税務アドバイス

1. 相続した不動産を売るまでの流れ

実家を売る前に、やっておくことってある？

まだお父さんの名義のままやろ。それやと売られへんで。

相続したのに、僕のものじゃないの？

権利はあんたのもんや。せやけど先に名義を変えなあかん。

1-1. 亡くなった方の名義では売れない理由

不動産を買う人は、登記簿に載っている名義人と契約します。名義が亡くなった方のままだと、契約の相手がいないことになってしまいます。

そのため、売る前に相続登記で相続人の名前に書き換える必要があります。

ここでつまずくご家庭が本当に多いんです。売買の日取りが決まってから慌てて登記を始めても、戸籍をそろえるだけで1か月、相続人が多ければ2〜3か月かかります。

不動産会社に相談を始める日と、登記の準備を始める日は同じ日でいいんです。

1-2. 相続発生から引き渡しまでの6段階

早い方で半年、長い方だと2年以上。時間がかかるのは、たいてい2番目の遺産分割です。

1-3. 売却前にそろえておく書類

登記に要るものと、売却に要るものが別です。

いちばん最後の購入時の売買契約書が、いちばん大事です。

戸籍謄本は、亡くなった方の生まれてから亡くなるまでの分をそろえます。

固定資産税評価額の証明書は、相続登記の登録免許税の計算に使います。毎年春に届く課税明細書とは別物なので、市区町村の窓口で取ってください。

関連記事：相続登記の義務化はいつから？3年の期限と過料10万円、相続税申告との関係を相続専門税理士が解説

2. 売ったときにかかる税金の全体像

4,000万円で売れたら、4,000万円に税金がかかるの？

ちゃう。もうけた分だけや。

買値より安く売れたら、かからないんだね。

2-1. 課税されるのは売値ではなく譲渡所得

取得費は、相続税評価額ではなく、その不動産を買ったときの金額です。建物は、使った年数に応じて価値が減った分（減価償却費相当額）を差し引きます。

譲渡費用は、仲介手数料のように売るために直接かかった費用です。

相続税をいくら払ったかは、ここには入りません。相続税と譲渡所得税は別の税金で、計算も別々。ここを混ぜてしまう方が本当に多いんです。

ただし、払った相続税の一部は、取得費加算の特例で取得費に足せることも。

2-2. 20.315%と39.63%を分ける5年

税率は2段階です。

15%＋5%で20%にならないのは、復興特別所得税が上乗せされるからです。所得税の額に2.1%を掛けた分が加わり、15%なら0.315%、30%なら0.63%になります。

2-3. 所有期間は亡くなった方から引き継ぐ

相続で取得した土地建物は、亡くなった方が買った日をそのまま引き継ぎます。5年の判定も、亡くなった方の取得日から数えます。

相続してから半年で売っても、お父様が30年前に買った土地なら、所有期間は30年。長期譲渡所得の20.315%なんです。

短期の39.63%が問題になるのは、亡くなった方自身が5年以内に買っていた不動産を売るときくらいです。

参考：No.3208 長期譲渡所得の税額の計算（国税庁）

参考：No.3270 相続や贈与によって取得した土地・建物の取得費と取得の時期（国税庁）

参考：No.3202 譲渡所得の計算のしかた(分離課税)（国税庁）

関連記事：土地の相続税はいくら？計算方法と最大80%減の特例を税理士が解説

3. 買った値段が分からないときの5%

おじいちゃんが昭和に買った土地で、契約書がないんだ。

それやと、売った金額の5%しか引かれへんねん。

4,000万円なら、たった200万円ってこと？

3-1. 概算取得費は収入金額の5%

買った値段を証明できないときは、売れた金額の5%を取得費として計算します。実際の取得費が5%より少ないと分かっている場合でも、5%を使ってかまいません。

ただ、契約書が見つからないからといって、すぐ5%と決めないでください。次のような資料から取得費を認めてもらえることがあります。

• 購入当時の住宅ローンの契約書
• 通帳の出金記録
• 購入時のパンフレットや分譲時の価格表

それでも出てこなかったときに、はじめて5%の出番です。

3-2. 譲渡費用に入るもの・入らないもの

譲渡費用は「売るために直接かかった費用」に限られます。

ただし、取得費のほうに入れられる場合があります。概算取得費の5%を使うときは入れられません。

参考：No.3258 取得費が分からないとき（国税庁）

相続専門税理士 藤本のチェックポイント

ご相談で「売った金額がそのまま手元に残ると思っていました」とおっしゃる方がいらっしゃいます。4,000万円で売れても、手取りは3,000万円台前半ということも珍しくありません。売る前に、手残りを一度出しておいてくださいね。

関連記事：土地の相続税評価額とは？路線価・倍率2方式の計算を税理士が解説

4. 売却で使える2つの特例

特例が使えたら、税金がゼロになることもあるんやで。

2つとも使えるの？

それがな、どっちか一方だけやねん。

上の表は、1月10日に亡くなった場合の日付です。

4-1. 相続税を取得費に足せる取得費加算

納めた相続税のうち、売った不動産に対応する分を取得費に足せる特例です。

期限は、相続税の申告期限の翌日から3年。申告期限が10か月なので、合わせて3年10か月と覚えてください。

相続税を納めていることが前提なので、基礎控除以下で申告不要だったご家庭は使えません。

4-2. 空き家の3,000万円特別控除

亡くなった方がひとりで住んでいた家を売るときに使える控除です。譲渡所得から最大3,000万円を差し引けます。

2024年1月1日以後の譲渡から、その家屋を取得した相続人が3人以上いる場合は、1人あたり2,000万円に減りました。

4-3. 2つの特例は選択になる

国税庁の措置法通達は、空き家特例の対象になる譲渡に取得費加算を使うなら、その譲渡には空き家特例を使わないと定めています。

判断の目安は次のとおりです。

• 譲渡益が3,000万円を超え、相続税をたくさん納めている：取得費加算
• 譲渡益が3,000万円以下に収まりそう：空き家控除で税額がゼロになることもある

昭和56年5月以前の建物という要件があるので、空き家控除を使えるご家庭は限られます。使えるなら、まず空き家控除で試算してみてください。

小規模宅地等の特例で評価額を8割下げた土地は、そのぶん納めた相続税も少なくなっています。取得費加算で足せる金額も小さくなる、という関係です。

参考：No.3267 相続財産を譲渡した場合の取得費の特例（国税庁）

参考：No.3306 被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例（国税庁）

関連記事：取得費加算の特例とは？相続税を取得費に足す計算と明細書の書き方を相続専門税理士が解説

5. 相続人が複数いるときの売り方

兄弟3人やったら、売って現金で分けるのがいちばん揉めへんで。

3人の共有にしておくのは？

やめときや。売るとき全員の実印がいるんやで。

5-1. 売って現金で分ける換価分割

不動産を売り、その代金を相続人で分ける方法です。

いったん相続人の代表者の名義で登記してから売る形が一般的です。

このとき、遺産分割協議書に「換価分割のため代表者名義で登記する」と書いておいてください。書いていないと、代表者がほかの相続人に渡したお金が贈与とみなされることがあります。

4,000万円で売れて3人で分ければ、ひとり1,333万円。贈与税がかかれば、何百万円という単位になります。

5-2. 共有のまま持ち続ける難しさ

3人の共有で登記しておけば、とりあえず先送りはできます。けれど売る段になると、共有者3人全員の同意と実印が必要です。

ひとりが遠方にいる、ひとりが反対している。それだけで話が止まります。共有者のひとりが亡くなれば、その方の相続人が加わり、3人だった共有者が5人、6人と増えていきます。

賃貸不動産の法人化のように、持ち続けて活用すると決まっているなら別です。使う予定のない実家を共有名義にする理由は、あまり見当たりません。

5-3. 代償分割を選ぶとき

長男が実家に住み続ける。そういうご家庭では代償分割になります。

長男が不動産を取得し、ほかの兄弟には法定相続分に応じたお金を渡します。渡す側にまとまった現金が必要で、評価額3,000万円の実家なら、兄弟ひとりあたり1,000万円を用意できるかが分かれ目です。

いったん決めた遺産分割をあとからやり直すと、その分け直しが譲渡や贈与とみなされ、税金がかかることがあります。決める前に、税額まで試算してから合意してください。

相続専門税理士 藤本のチェックポイント

代表者の口座に4,000万円が入りますが大丈夫でしょうか、と心配される方がいらっしゃいます。遺産分割協議書に換価分割であることと分ける割合を書いておいてくださいね。

関連記事：遺産分割協議書とは？書き方・記載例4種と必要書類を税理士が解説

6. 売った翌年の確定申告

売った年に、すぐ税金を払うの？

ちゃう。翌年の2月16日から3月15日までに申告して納めるんや。

6-1. 申告の時期は売った翌年の2月16日から

2026年8月に売却した場合、申告は2027年2月16日から3月15日までです。住民税は申告の内容から計算され、その年の6月以降に納めます。

いつもは年末調整だけの会社員の方も、この年だけは自分で確定申告をします。

6-2. 用意する書類

• 譲渡所得の内訳書（確定申告書付表兼計算明細書【土地・建物用】）
• 売ったときの売買契約書の写し
• 買ったときの売買契約書の写し
• 仲介手数料・印紙代などの領収書
• 売却した不動産の登記事項証明書

取得費加算を使うなら、「相続財産の取得費に加算される相続税の計算明細書」を追加します。

空き家控除を使う場合は、被相続人居住用家屋等確認書を市区町村から取り寄せます。発行まで2週間ほどかかります。

6-3. 申告しなくてよいケース

譲渡所得がマイナスなら、原則として申告は不要です。買った値段より安く売れた場合、税金はかかりません。

ただし、概算取得費の5%で計算するとプラスになることがあります。契約書が見つからないときは、必ず計算してから判断してください。

相続専門税理士 藤本のチェックポイント

特例で税額がゼロになる年こそ、申告書を出さないと特例が使えません。売った年の12月になったら、譲渡所得の内訳書と売買契約書を1つの封筒にまとめておいてくださいね。

参考：No.3252 取得費となるもの（国税庁）

関連記事：相続手続きの流れ6ステップと期限一覧【相続専門税理士が解説】

まとめ

売れた金額に課税されるわけではありません。売値から取得費と譲渡費用を引いた残りが譲渡所得で、そこに20.315%か39.63%がかかります。相続の場合は、亡くなった方の取得日をそのまま引き継ぎます。相続してすぐ売っても、多くのご家庭で長期の20.315%です。

分かれ目になるのは、買ったときの売買契約書です。

見つからなければ売値の5%しか引けません。4,000万円で売れた土地なら、あるかないかで税額が約467万円変わりました。

特例は取得費加算と空き家3,000万円控除の2つで、併用はできません。期限も3年10か月と、3年を経過する日の属する年の12月31日で別々です。

相続人が複数いるなら、換価分割か代償分割かを遺産分割協議書に書く前に、税額まで試算しておきましょう。

動き出すのは、売る前です。契約を結んでからでは、選べたはずの特例が選べないこともあります。

よくある質問